A flórához hasonlóan a Mecsek-hegység állatföldrajzi szempontból is önálló faunajárásba, a Sopianicumba tartozik. Jellemzőek rá a délies, melegkedvelő faunaelemek, de az északi oldalak, hűvös patakvölgyek sokszor hegyvidéki fajokat rejtenek. A terület zoológia jellemzése szempontjából a több ezer előforduló és a több száz védett faj közül célszerű az unikálisak (ritkák) és a hegységre igazán jellemzőek kiemelése. Fokozott védettséget 21 állatfaj élvez a Mecsek területén, de előfordulnak endemikus (bennszülött) fajok is, amelyek csak védettek vagy esetleg még jogszabályi oltalomban sem részesültek.

A Mecsek egyik sajátos élőhely típusában, a barlangokban és azok vízfolyásaiban érdekes állatvilág figyelhető meg. A már említett Gebhardt Antal kutatásai során csak a Mecsekre jellemző állatfajok is előkerültek. Reliktum (jégkorszak előtti) faj az Abaligeti-barlang patakjának vizében élő vakbolharák, bennszülött fajok pedig a csak ebben a barlangban és a Mánfai-Kőlyukban élő különféle csiga- és százlábú-félék.

A puhatestűek érdekes képviselője a hegységben megtalálható két védett csigafaj, a magyar vakcsiga és a keleti ajtóscsiga.

A rákok osztályából a nem védett folyami rákkal  az orfűi tavaknál és a Réka-völgy tiszta vizű Halász-patakjában találkozhatunk.

A szitakötők rendjének egy jelenleg már védett, nagy termetű faj a legritkább képviselője. A sárgasávos hegyi szitakötő eddig csak a Melegmány-völgyből és Zobákpuszta mellől került elő az országból.

A védett imádkozó sáskát már a legtöbben megfigyelhettük, de a szintén a melegebb hegyoldalakat kedvelő fűrészlábú szöcskét nehezebb például a Misina-Tubes gerinc közelében megpillantani. A közelmúlt kutatásainak eredményeképpen az egyenesszárnyúak  rendjéből  unikális fajok is előkerültek a Mecsekből. A Pintér-kertben felbukkant áttelelő sáska mellett az endemikus és ma már fokozottan védett magyar tarsza országosan is igen jelentős populációinak felfedezése a Nyugat-Mecsekben igazi zoológiai szenzációnak számított. Ezek mellett két ugyancsak röpképtelen szöcskefaj, a kárpáti és a szerény tarsza is megfigyelhető a hegység több pontján. A nyárvégi forró délutánokon felhangzó, igazi mediterrán hangulatot árasztó monoton ciripelés a főként  déli kitettségű hegyoldalak száraz, meleg tölgyeseiben előforduló óriás énekes kabócák és mannakabócák jelenlétét jelzi.

A bogarak közül a mindenki által ismert szarvasbogarat és a ritkább, de ugyanúgy védett orrszarvúbogarat érdemes megemlíteni. Mellettük a hűvös bükkösök csodaszép havasi cincére és a Dél-Dunántúlon csak Pécsvárad közeléből előkerült fokozottan védett atracélcincér jelent érdekességet. Ez utóbbi faj kizárólagos gazdanövénye a Csiger-gödöri területeken élő  védett növény, a kék atracél.

Endemikus faj a tegzesek rendjébe tartozó, a Kelet-Mecsek és a Melegmány tiszta vizű patakjait, forráskörnyékeit kedvelő mecseki őszitegzes. E fokozottan védett állatfaj a nevéhez méltóan késő ősszel "repül". Az idézőjel azért szükséges, mert röpképtelen rovarfaj.

A  színes, látványos lepkék rendjéből sok faj került törvényes oltalom alá. Ezek közül sokkal a Mecsekben is találkozhatunk. A teljesség igénye nélkül a következő fajok jellemzőek a területre: farkasalmalepke, fecskefarkú lepke, kardoslepke, kis apollólepke, magyar boglárka, nagy tűzlepke, díszes tarkalepke, nagy pávaszem, díszes csuklyásbagoly. Nem védett faj, de méretével sokakat meglep a néha felnőtt tenyér nagyságú, sárga színű, szőrös tölgy selyemszövő.

A gerinces védett fajok között a halak is képviseltetik magukat. Az Egregyi-völgy patakjában és a Völgységi patakban a közelmúlt vizsgáltai szerint él fürge cselle és kövi csík is.

Sokan ok nélkül irtóznak a kétéltűektől és a hüllőktől, melyeknek minden faja védett. Pedig egytől-egyig ártatlan, sőt némelyikük kedves állat. Az őket ért szándékos és akaratlan bántalmazások miatt inkább nekik lenne félnivalójuk. Hogy legalább a véletlenszerű pusztítást – pl. az utakon való elgázolást – csökkentsék, a telelő és a szaporodó helyeket elválasztó utaknál terelőhálók segítségével igyekeznek segíteni rajtuk. Az orfűi tavaknál és az Egregyi-víztározónál tavasszal ú.n. békamentő táborok során több ezer békát, főként barna varangyot mentenek meg. A Mecseken sokszor találkozhatunk még a pocsolyák vízében megbújó sárgahasú unkákkal és az avarban előlünk nagy ugrásokkal menekülő erdei békákkal. A farkos kétéltűek közül a hegység mesterséges vízállásaiban (orfűi tavak, Dombay-tó, Óbányai-tó) a pettyes és a tarajos gőtét figyelhetjük meg. A hüllők legkönnyebben megpillantható képviselői a gyíkok. A sziklagyepek felmelegedő kövei alól hatalmas, színpompás zöld gyíkok bújhatnak elő, a sziklafalak repedéseiben pedig fürge- és fali gyíkok rejtőznek. Ez utóbbi fajnak egyébként él egy kisebb, melanisztikus (fekete színű) populációja a Mecseken. Kígyónak nézik sokan, ráadásul ezért még bántják is a lábatlan gyíkot, más néven kuszmát. Tényleg kígyó a néha két méteresre és megnövő, de ennek ellenére is ártatlan erdei sikló. Kevésbé elterjedt faj a rézsikló, amely gyorsan felmelegedő, száraz domboldalakat kedveli. A már említett mesterséges tavaknál kockás és vízisiklókkal, valamint mocsári teknősökkel találkozhatunk.

2. ábra (balról jobbra): Fürge cselle, sárgahasú unka,

mocsári teknős (Fotomontázs: Fazekas I.)

A madarak közül kerül ki a Mecseken a  fokozottan védett állatfajok zöme. A Kelet-Mecsek háborítatlanabb erdőtömbjében fészkel fekete gólya, békászó sas, réti sas és barna kánya is. Az emberi településekhez kötődik a szintén fokozottan védett fehér gólya és a templomtornyokban költő gyöngybagoly. Ma már az ember által létesített különféle agyag- és homokbányák partfalai a fő költőterülete a trópusi színekben pompázó gyurgyalagnak. A Bükkösdi-völgy savanyú kaszálói nyújtanak menedéket Dél-Dunántúl talán legerősebb haris állományának. E sajátos életmódú, fokozottan védett, Európai Vörös Könyves madarat legkönnyebben éjszaka hallható, fűrészelő hangjáról ismerhetjük fel. Sajnos a gyepfeltörések és a manapság nagyon divatos tólétesítések igencsak veszélyeztetik amúgy is sérülékeny populációit.

3. ábra (balról jobbra): Gyöngybagoly, gyurgyalag, haris

(Fotómontázs: Fazekas I.)

Van a Mecseknek egy  madara, amely az országban csak itt fordul elő. A Mecseknádasd körüli szőlők és gyümölcsösök biztosítanak élőhelyet e madárnak, a kerti sármánynak. Igen nagyszámú a nem kiemelten védett madárfajok száma is, így csak a ritkábbak, érdekesebbek kiemelésére van lehetőség. Az állandó vizű, hegyi patakok biztosítanak táplálékot és költőhelyet a közeledtünkre hullámzó repüléssel menekülő hegyi billegetőknek és a sokkal ritkább, a zavarást nehezebben tűrő kis légykapóknak. Tavasszal a kék galambok mély búgása tölti be a fenséges bükkösöket és a fekete harkályok hangos dobolása, majd nyávogás-szerű kiáltása hallatszik innen is onnan is. Ezen egyetlen odúban költő galambfaj pont a fekete harkály elhagyott költőüregeit használja fészkelésre. A már említett gyümölcsösök öreg fáiban ver tanyát az éjszakákat átfüttyögő füleskuvik, a gyepfoltokról fürj pitypalattyolását hallhatjuk.

A felhagyott kőbányák sziklapárkányain, hatalmas bükkökön, sőt vastraverzeken egyre több holló telepszik meg a Mecseken is. Egyedül a Tettye sziklaszirtjeinek tövében hallgathatjuk tavasszal a sövénysármány szép énekét, a repülő drágakövet, a jégmadarat azonban több vízfolyás közelében megfigyelhetjük. Az esetek legnagyobb százalékában ha ragadozó madarat pillantunk meg, az az igen gyakori egerészölyv.

Az emlősök között is több fokozottan védett faj fordul elő a Mecsekben. A rendszeres denevérkutató táborok eredményei alapján a mecseki barlangokból előkerültek a hosszúszárnyú, a nagyfülű, nagy patkósorrú, a pisze és a tavi denevérek példányai. A Duna-Dráva Nemzeti Park Igazgatóság pintér-kerti központi épületének erkélyén él egy csonkafülű denevér kolónia, amely a téli, barlangban töltött hónapok kivételével a természetvédelmi hatóság szó szerinti védelmét élvezi. Fokozottan védett még a hegység többször említett tavainak halállományát dézsmáló vidra is. A közönségesebb védett fajok közül biztosan találkozhatunk sétáink során a szöszmötölő sünnel, a kíváncsi mókussal és nyári éjjeleken összerezzenhetünk a nagy pele visítására. A ragadozókat a morcos borz, az apró menyét, a ritka nyuszt, valamint a még ritkább vadmacska képviseli.

A fokozottan védett fajok mellett még 15 védett denevérfaj is előkerült a Mecsekből. Ha az idegenforgalom számára megnyitott Abaligeti-barlangban a téli időszakban végigsétálva figyelmesen megnézzük a védettebb hasadékokat, párkányokat biztos megpillantunk téli álmot alvó denevéreket. Legtöbbször a barlangban 300-400 példányban telelő nagy patkósorrú denevér egymáshoz bújó kolóniáit figyelhetjük meg, de az ügyesebbek az egyenként pihenő kis patkósorrúakat, a páracseppekkel borított vízi denevéreket és a nagyobb termetű közönséges denevéreket is észrevehetik.

A nem védett állatfajok az ország más hegyvidéki tájaihoz hasonló elterjedést mutatnak. A vadfajok közül alkonyati, hajnali kirándulásaink során gímszarvassal, őzzel, vaddisznóval, Váralja környékén  dámszarvassal, az egyre gyakoribb rókával, egy-egy erdei életmódra áttért fácánnal, mezei nyúllal futhatunk össze.