Egyre több ismerettel rendelkezünk az égerligetek állatvilágának kutatásáról. Az Egregyi-völgyben megbúvó Völgységi-patakban a közelmúltban megtalálták a kipusztultnak hitt, védett kövi csíkot (Noemacheilus barbatulus) és a fürge csellét (Phoxinus phoxinus). Vizek partján sokfelé feltűnik a növényeken mászkáló  berki csiga (Bradybaena fructium). Már a miocén kor óta ismerik a pelyhes csigát (Trichia hispida), mely patakjaink sűrű növényzettel övezett völgyeléseiben él.

A mecseki patakok egyik leghíresebb védett szitakötő faja a kétcsíkos hegyi szitakötő (Cordulagaster heros). A hegységben él az egyetlen Magyarországról leírt és endemikus tegzes (Trichoptera), a mecseki őszi tegzes (Chaetopteryx schmidi mecsekensis). Hazánkból csak a Kelet-Mecsekből került elő a balkáni álcás tegzes (Plectrocnemia minima). Állatföldrajzilag érdekes színező eleme a tájnak a Synagapetus krawanyi nevű tegzes is, melynek első magyar példányai a Mecsekből kerültek elő.

Az égerligetek fokozatosan ritkuló, védett faja a kis színjátszólepke (Apatura ilia) és potenciálisan veszélyeztetett az Amur-vidéktől Közép-Európáig keskeny sávban elterjedt hideglápi karcsúmoly (Sciota fumella). Rendkívül ritka a sárgacsápú pihésszövő (Achyla flavicornis) és a védett apáca púposszövő (Furcula bicuspis). Védelmüket csak az égeresek további csökkenésének megállításával lehet biztosítani. Nagyon megritkult és fokozatosan eltűnőben van a szilfajokhoz kötődő, védett szilfa-púposszövő (Dicranura ulmi). A bagolylepkék tipikusan égeres fajai a kétnemzedékes éger-bagolylepke (Acronicta cuspis) és a fehér fűzbagoly (Acronicta leporina). Az éjszaka repülő szövőlepkék közül egyre szórványosabban tűnik fel a szomjas pohók (Euthrix potatoria), és a sárga pohók (Gastropcha populifolia). Elterjedt és gyakori a nyárfaszender (Laothoe populi), s csak késő éjjel figyelhető meg a hátulsó szárnyán szemfoltokkal díszítetett esti pávaszem (Smerinthus ocellata). Eltűnőben van környékünkön az egyik legszebb veszélyeztetett araszolólepkénk, a nagy zöldaraszoló (Geometra papilionaria) és a tarkaszövő (Endromis versicolora).

A ligeterdőkben még nem ritka a takácscincér (Lamina textor). A patakpartok növényein ül selymes nádbogár (Plateumaris sericea). A kecses víztaposó (Haliplus fluviatalis) a patakok lassú folyású, alsó  szakaszain él, míg a gyorsabb folyású, oxigénben dúsabb vizekben a Heyden-víztaposó (Haliplus heydeni) tűnik fel. Egyre ritkább a fonalas algákkal táplálkozó csíkos víztaposó (Haliplus immaculatus). A Dél-Dunántúlon eddig csak a Mecsekben gyűjtötték a Hydroporus nigrita nevű víztaposó bogarat. Tipikus futóbogár itt a mezei futrinka (Carabus  granulatus), a  Bembidion dalmatinum gyorsfutó, Badister meridionalis nevű posványfutonc, az  Agonum antennarium kisfutó és a Panagaeus bipustulatus keresztesfutrinka. A gyérnövényzetű vagy növényzetmentes patakpartokon sokfelé feltűnnek a gyorsfutók (Bembidion elongatum, B. nitidulum, B. subcostatum javurkovae, B. tibiale), az Elaphrus cupreus iszapfutó. Az utóbbi faj főként az Alföld keleti tájain elterjedt, s csak az utóbbi években bukkantak rá Abaliget mellett (Tallósi et al. 2006).  A gyorsfutók közül ki kell emelnünk a Bembidion inustum-ot, mivel Magyarországon csak a Mecsekből ismert.

    A mecseki patakpartok Orthoptera együttesei nem túlságosan fajgazdagok. Az itt élő fajok többsége higrofil, és/vagy árnyékkedvelő faj. E többségében szöcskékből (leggyakrabban Leptophyes boscii, Isophya camptoxypha, Conocephalus discolor, Pholidoptera aptera, Pholidoptera griseoaptera, Metrioptera roeselii, Tettigonia viridissima) és csak néhány sáskafajból (pl. Chrysochraon dispar, Odontopodisma decipiens) álló együttesek léte hosszabb távon a patakokat, út menti vízelvezető árkokat szegélyező, speciális habitatok fennmaradásától függ (Szövényi et al. 2007).

Igen ritka a hegységben a patakos völgyekhez kötődő, fokozott nedvességigényű Chrysotropia ciliata fátyolka (Chrysopidae) és Psectra diptera törpefályolka (Hemerobiidae). Külön említést érdemelnek azok az értékes kaparódarázsfajok (Sphecidae) is, amelyek meghatározó színező faunaelemei a tájnak (pl. Lestiphorus bicinctus, Mimumesa beaumonti, Psen exaratus, Rhopalum nigrinum).

Patakos völgyeink egyik legjellegzetesebb madárfaja a hegyi billegető (Motacilla cinerea), amely enyhébb teleken gyakorta át is telel. A völgyalji égerfákon rendszeresen fészkel a sárgarigó (Oriolus oriolus), a nádfoltokban feltűnik az énekes nádiposzáta (Acrocephalus palustris), a füzeseket kedveli a berki tücsökmadár (Locustella fluvitalis).