Az irányelv függelékeiben felsorolt, közösségi szempontból jelentős fajok és élőhelytípusok képezik a területkijelölés alapját. A madárvédelmi területekével ellentétben a különleges természetmegőrzési területek kijelölése hosszadalmas folyamat, amelyben az adott tagállam és az Európai Bizottság szakértőinek többszörös egyeztetései során véglegesítik a kijelöléseket. A hazai kijelölt területek, s így az egész Natura 2000 hálózat véglegesítése jelenleg is zaljik, a munka legkésőbb 2013-ig befejeződik. A különleges természetmegőrzési területek átlagos kiterjedése kisebb, mint a madárvédelmi területeké, nem ritka a csupán néhány száz hektáros terület sem. Magyarországon jelenleg 467 különleges természetmegőrzési területet jelöltek ki. A további egyeztetések hozhatnak kisebb változásokat, a területek számának és pontos lehatárolásának tekintetében. Kijelölt Különleges Természetmegőrzési Területek